起初，他久滯縣尉一職，后調(diào)入朝廷，任過侍御史和度支、兵部、吏部員外郎等職。唐玄宗開元二十三年(735年)以后連連高升，至開元二十九年(741年)成為正四品大員吏部侍郎，掌管了科舉取士的大權(quán)。天寶二年(743年)他因開科取士不公，被貶為安康太守，轉(zhuǎn)任過魏郡、河?xùn)|、扶風(fēng)等地太守，因政績而封為高平縣男，后又再度調(diào)入朝廷，歷任工部尚書、東京留守、憲部尚書等職。唐肅宗至德二年(757年)，苗晉卿被委以左宰相的重任，籌劃軍國火事，其年十二月因功封爵為韓國公，食邑五百戶，以后又轉(zhuǎn)任過中書侍郎、侍中、太子太傅，唐代宗時為太子太保。
在苗晉卿長期的政治生涯中，雖然沒有什么輝煌的建樹，但也有許多令人贊美的事跡。其一是他避寇拒叛，大節(jié)可貴。天寶十四年(755年)安史叛亂發(fā)生后，唐王朝很快丟失京城。苗晉卿身為唐憲部尚書，因威望甚高而受到專斷國政的楊國忠的嫉妒和排擠。叛亂一開始，楊國忠奏請?zhí)菩�，讓苗晉卿去擔(dān)任陜州刺史、陜虢兩州防御史，企圖把他擠出朝廷，到前線領(lǐng)兵打仗，與安史叛軍對抗。他以年事已高、重病在身為由堅決辭去所授之職，這引起了唐玄宗的不滿，雖答應(yīng)了他，但又解除了他憲部尚書的職務(wù)。但他仍然翻山越嶺，歷盡艱幸，到金州避難，后又輾轉(zhuǎn)回到唐肅宗的行在。唐代宗廣德元年(763年)，吐蕃軍隊又占領(lǐng)長安京城，一些叛臣勾結(jié)吐蕃另立朝廷。那時，苗晉卿被唐代宗由侍中降職為太子太保，因病老臥床家中不能行走。偽朝廷想借他的威望裝扮門庭，派人抬著轎子，威逼利誘他參加偽政府。而苗晉卿一言不發(fā)，不予理睬。苗晉卿不計個人恩怨，始終維護(hù)唐王朝的統(tǒng)治，不顧個人安危，忠于唐廷，保全大節(jié)，的確難能可貴啊!其二是地治郡有方，深得民心，苗晉卿在做地方官期間，寬厚待人，為官清廉，又善于抓大政方略，所到之處均有政績，尤其是在魏郡做太守三年期間，政治清明，很得民心。當(dāng)他調(diào)任之后，魏郡百姓因敬重和懷念他，在他生前就為他建立祠廟，樹碑立表，歌功頌德。其三是他捐資辦學(xué)，造福桑梓。苗晉鯽做魏郡太守期間，曾回鄉(xiāng)省親，在回鄉(xiāng)途中，走到能望見壺關(guān)縣城的地方，他就下了車馬，步行前進(jìn)，以示對鄉(xiāng)邦的恭敬。手下小吏勸阻說：“太守德高望重，不應(yīng)當(dāng)這樣自輕賤”，他卻說：“過公門都要下馬，況且是父母之邦呢?對父母之邦的一切都應(yīng)該尊敬，你什么也別說了”，硬是步行到城里。到鄉(xiāng)里之后，父老鄉(xiāng)親有向他獻(xiàn)酒的，他都一律走下臺階接手中恭敬地飲盡，當(dāng)時人們都贊美他這種謙敬的美德，他還拿出自己俸祿萬錢獻(xiàn)給鄉(xiāng)學(xué)為經(jīng)費，發(fā)展教育，造福于桑梓。
苗晉卿位居宰輔時，辦事縝密練達(dá)，對大政方針也能盡職盡責(zé)地提出自己的主張，他曾諫阻了唐肅宗重用奸宦李輔國為常侍；也曾堅決辭去唐肅宗、唐代宗委他在國喪期代理朝政的攝冢宰之職，勸諫二君以國事為重，而不應(yīng)輟朝治喪，以在紛亂異常的局勢下解急，有利于政局的穩(wěn)定。不過，苗晉卿雖然位至宰輔，卻無恢宏大舉，顯得平庸無為。這一方面是由于他本人過分謙柔，在是非面前往往不敢以理相爭，甚至有些明哲保身，故此，史學(xué)家譏諷他是“巧官”。另一方面，當(dāng)時藩鎮(zhèn)強(qiáng)橫，社會動蕩，他作為一名儒臣，又年老多病，在那倚重武將的現(xiàn)實情況下，確也是心有余而力不足。
苗晉卿為官三朝，以謙敬敦厚，精細(xì)博達(dá)為當(dāng)時人們所推重，卻也有過附諛權(quán)貴的不彩之舉。天寶二年(743年)春，他被奸相李林甫授權(quán)，以吏部侍郎之職掌管科舉取士大權(quán)，當(dāng)時入選進(jìn)士等第的有64人，御史中丞張倚的兒子張?amp;#93;參選，苗晉卿與另一主選大臣宋遙因張倚新近得到唐玄宗寵信而想討得他的歡喜，就將張?amp;#93;列為甲等頭名進(jìn)士。榜出眾人都知張?amp;#93;本是個草包，對他獨占鰲頭議論紛紛，有一位縣令告訴了安祿山，安祿山上奏唐玄宗，唐玄宗就召集高中的64名進(jìn)士在花萼樓親自策試。結(jié)果，及格的不到十分之一、二，而張?amp;#93;手持考卷，整日竟沒有寫出一個字，交了白卷，當(dāng)時人們譏笑他是個“曳白”。唐玄宗震怒，貶苗晉卿為安康太守。
永泰元年(765年)苗晉卿病老去世，終年81歲。唐代宗因此輟朝3日，為他舉喪，謚號“懿獻(xiàn)”，后又改為“文貞”。大歷七年(772年)他作為重臣列入唐肅宗祭廟享受祭祀。
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